早在一万年前，已有先民生息、繁衍在齐齐哈尔这块黑土地上。他们沿嫩江两岸而居，以渔猎为生。
齐齐哈尔市区辖境，夏商周时期属索离国；秦汉时为夫余国属境；魏晋南北朝时期属鲜卑和豆莫篓；隋唐时期属室韦都督府管辖；
辽代属上京路、东京路；元代属辽阳行中书省所辖的开元路和水达达路；明朝先归属大宁都指挥使司，后属奴儿干都司。
清初，齐齐哈尔地区属盛京内务府管辖，不久归属宁古塔将军。
1683年（康熙二十二年）起，改属黑龙江将军管辖。
1685年（康熙二十四年），设卜奎驿站，逐步成为黑龙江西部地区诸驿站的中心，并发展为村落。
1691年（康熙三十年），清廷准奏在卜奎站建齐齐哈尔城，并授索伦总管玛布岱副都统衔，掌管建城事宜。
1699年（康熙三十八年），黑龙江将军衙门移住齐齐哈尔城。直至清末，黑龙江将军衙门与齐齐哈尔副都统衙门合署管辖齐齐哈尔。
1905年（光绪三十一年），在省城设黑龙江分巡道极其所属的黑水厅，管辖齐齐哈尔。次年，裁撤齐齐哈尔副都统。
1907年（光绪三十三年），清政府废黑龙江将军，建黑龙江行省，将黑水厅改为龙江府，齐齐哈尔由省垣巡警局和龙江府管辖。
民国时期，1924年，成立黑龙江省城市政公所，管理齐齐哈尔市事宜。
1929年，黑龙江省城市政公所改组为黑龙江省城兼商埠市政局，主管黑龙江省城齐齐哈尔及商埠界内市政诸事，直隶于黑龙江省政府。
1931年“九一八”事变后，日本帝国主义侵占齐齐哈尔，设置伪满龙江省，齐齐哈尔仍为省城。
1936年，建立伪齐齐哈尔市公署，隶属伪满龙江省公署。此为齐齐哈尔设市之始。
1945年，日本帝国主义投降后，成立民主政权齐齐哈尔市政府，隶属嫩江省。
1947至此1949年，先后隶属黑龙江嫩江联合省、黑龙江省。
1954年，黑龙江省会由齐齐哈尔市迁往哈尔滨市，齐齐哈尔市始为省辖市。
1958年，齐齐哈尔市划归嫩江专区专员公署管辖。
1960年，嫩江专区撤销，其所辖各县划归齐齐哈尔市领导，始行市管县体制，齐齐哈尔市复为省辖市。
1961年，恢复嫩江地区专员公署，齐齐哈尔市及所辖各县归其管辖。
1964年，齐齐哈尔市再次改为省辖市。
1967年，齐齐哈尔市人民委员会撤销，成立齐齐哈尔市革命委员会。
1980年，齐齐哈尔市革命委员会改称齐齐哈尔市人民政府。
1985年，嫩江地区行政公署与齐齐哈尔市合并，再次实行市管县体制，齐齐哈尔市仍为省辖市。
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